Det var första förlusten i en tävlingsmatch för storklubben sedan i december 2014. Den gången var det FFC Frankfurt som vann i kvartsfinal.
Bayern München leder Bundesliga överlägset med 19 poäng före FC Sand på fjärde plats.
FC Sand finns i staden Willstätt som ligger i delstaten Baden-Würtemberg i sydvästra Tyskland. Invånarantalet är knappt 10.000. De 2.215 tillstädes i Kühnmattstadion gjorde att det var utsålt.
München är Tysklands tredje största stad med cirka 1,3 miljoner invånare.
Nilla Fischers Wolfsburg vann programenligt sin semifinal med 2-1 mot Freiburg. Norska landslagsspelaren Caroline Graham Hansen skadade sig i en närkamp och i värsta fall rör det sig ett korsband.