Spel i hijab ställdes på sin spets vid ungdoms-OS i Singapore förra året och FIFA stod på sig att inte tillåta spel med heltäckande huvudduk.
De iranska spelarna fick gråtande höra nationalhymnen spelas innan domaren förklarade matchen som walk over till Jordanien.
Det innebar att Iran inte heller kommer att spela de andra kvalmatcherna mot Vietnam, Thailand och Uzbekistan.
– Några av spelarna har redan rest hem till Iran medan några stannat kvar och försöker köpa biljetter till matcherna deras konkurrenter ska spela, berättar Jordaniens holländska tränare Hesterine Reus.
Irans fotbollförbund har förberett en protest till FIFA, som uttryckligen hävdar regel 4 i sitt regelverk där hijab inte nämns i spelares utrustning. Asiens fotbollsfederation har gjort avsteg för att att främja damfotbollen i länder där tradition och religion innebär problem för kvinnliga spelare.
Rainer Hennies
damfotboll.com´s Tysklands-korrespondent