Hammarbys försvar var minst sagt inte med på noterna.
– Av de fyra målen Linköping gör var tre rena presenter där bara omslagspappret saknades, anmärkte tränare Lars Pihl kritiskt.
Jonna slog till med 1-0 på ett långskott efter 18 minuter och blev frispelad för att göra 2-0 i den 30:e.
Hoppet tändes för Hammarby när Tempest-Marie Norlin ur fritt länge reducerade sju minuter senare.
Hammarby flyttade upp i andra halvlek och blottade sig för Jonnas tredje mål när hon blev frispelad av Linda Sällström.
Faith Ikidi är tillbaka i Linköping efter VM-kvalmatchande för Nigeria och hennes stolpskott fyra minuter före full tid sände returen till Linda som fastställde slutresultatet.
Linköpings FCs tränare Jörgen Petersson var nöjd över framför allt Jonnas tilltagsenhet.
– Vi spelade så som vi hade tänkt men ska vara litet mer egoistiska.
Jonna Andersson som tog chanserna:
– Roligt att det skulle bli tre mål i samma match.
Hammarbys enda målskytt Tempest-Marie Norlin utsågs till sitt lags bästa spelare.
– Det betydde inte så mycket när vi ändå förlorade.