Freyr är tränare för division 1-laget Leikner, ett jobb han kommer att fortsätta ha vid sidan om förbundskaptensrollen.
Han har tidigare varit assisterande tränare för mästarlaget på damsidan Valur Reykjavik åren 2008-2009.
Hans kontrakt sträcker sig över 2014 eller 2015 om Island går till VM-slutspel.