Det är AIKs andra och största seger i årets serie och sätter press på Hammarby i söndagens bortamatch mot Jitex.
Kristianstadspelarna var inte på tårna efter den långa bussresan en av årets varmaste dagar när det blåstes till spel.
Inom matchens sju första minuter fick AIK den start man behövt i fler matcher för att finns trygghet i sitt spel.
Therése Boström passade till både 1-0 och 2-0. Det första gjorde Jackie Kisch Brunzell och det andra nickade Malin Diaz in efter ett fint anfall hela vägen nerifrån eget försvar.
– Vi visste att AIK inte skulle vara någon lätt motståndare på sin hemmaplan och någon underskattning var det inte från vår sida, säger KDFFs tränare Elisabet Gunnarsdottir.
– Men vi kom bara upp till 80 procents kapacitet och det var inte tillräckligt. Jag tycker ändå att vi var värda en poäng.
Gudny Björk Odinsdottir reducerade efter en kvart men sedan blev det inga fler mål i matchen förrän när en kvart återstod då Clara Markstedt säkrade AIK-segern med 3-1.