1-0 gjorde Renée Slegers efter hörna och 2-0 Pernille Harder.
God utdelning, för Linköpings FC hade bara haft tre skott på mål under första halvlek.
Kristianstads nykomling i damlandslagets trupp Marija Banusic hade ingen lyckad kväll och blev utbytt i mitten av andra halvlek.
Fem minuter senare punkterades matchen när Linköping fick straff efter att KDFF-backen Mia Carlsson fällt Stina Blackstenius. Pernille Harder satte den bakom Brett Maron som stod i gästernas mål istället för landslagsuttagna Hedvig Lindahl.
När 10 minuter återstod reducerade Linnea Liljegärd till 3-1 med sitt första mål i Kristianstad-tröjan. De sista minutern var ändå hemmalagets. Pernille Harder var när att göra sitt tredje mål men skottet tog i stolpen.
– Jag tycker vi styrde första halvlek de första 20-25 minuterna, säger KDFFs tränare Elisabet Gunnarsdottir.
– Men spelet präglades av vårt utsatta läge i tabellen. Det var mycket olyckligt med de båda insläppta målen så tätt före halvtid.
Linköpings FCs tränare Martin Sjögren är nöjd med segern.
– Kristianstad bjöd oss verkligen på en jämn och tuff match i första halvlek.
Renée Slegers var en av hemmalagets bästa spelare för kvällen, i Kristianstad-laget var Susanne Moberg bästa hotet mot hemmaförsvaret.